Baseny soli działają nieco inaczej niż tradycyjne baseny chloru. Oba są zdezynfekowane przy użyciu chloru, ale chlor w basenie soli jest wytwarzany, gdy sól jest rozpuszczona w wodzie, zamiast bezpośrednio dodawania do basenu jak w basenie chloru.
Tradycyjne baseny chloru zazwyczaj mają poziom chloru 1-3 ppm (części na milion), podczas gdy baseny solne zwykle mają poziom chloru 1-3 500 ppm. Chociaż poziomy chloru słonej wody są wyższe, sam chlor jest mniej surowy w basenach słonej wody niż w basenach chloru. Układ słonej wytwarza postać chloru zwanego kwasem hipochlorystycznym, który jest mniej reaktywny i rozprasza się wolniej niż chlor w tradycyjnych basenie chloru. To wolniejsze rozproszenie oznacza, że basen soli nie wymaga dodatkowego chloru tak często, a rośliny wokół basenu są mniej narażone na wysoki poziom chloru.