Pingwin magelański jest wpisany na listę IUCN jako Zagrożony (Vulnerable). Jego populacja spadła z kilku powodów:
- Przełowie: Wyczerpanie zasobów rybnych zmniejsza dostępność pożywienia i zwiększa konkurencję z flotami rybackimi.
- Utrata i Degradacja Siedliska: Rozwój miejski, turystyka, zanieczyszczenie i zmiany klimatyczne zakłócają miejsca legowe i sukces rozmnażania.
- Przyłów (Bycatch): Pingwiny toną w sieciach rybackich, co powoduje śmiertelność wśród dorosłych i młodych.
- Zmiany Klimatyczne: Wzrost poziomu morza, przemieszczające się zasoby pożywienia i częstsze burze wpływają na rozmnażanie i przetrwanie.
- Wycieki Ropy i Zanieczyszczenie: Ropa uszkadza pióra, uprzedniając izolację i wyporność, co może być śmiertelne.
- Drapieżnictwo: Naturalni drapieżniki to foki, lwy morskie i labędzie; ludzkie wpływy na ekosystemy mogą nasilać presję drapieżniczą.
Działania ochronne obejmują chronione obszary morskie, regulacje rybackie, redukcję przyłowu, renowację siedlisk, reagowanie na wycieki ropy i edukację publiczną. Ciągłe monitorowanie i współpraca międzynarodowa są kluczowe dla długoterminowego przetrwania gatunku.