Ryby latające mają licznych drapieżników zarówno w powietrzu, jak i w wodzie:
- Ptaki: Mewy i fregaty żywią się rybami latającymi, które wyskakują z wody.
- Delfiny i marswiny: Te ssaki morskie polują na ryby latające blisko powierzchni.
- Tune i rybki mieczowe: Drapieżne ryby żerujące na rybach latających wzdłuż powierzchni oceanu.
- Rekiń: Rekin mako i błękitny znane są z polowania na ryby latające.
- Marliny: Szybkie pływacze używające długich dziobów do uderzania i łapania ryb latających.
- Inne większe ryby: Niektóre tuny i okunie morskie mogą okazjonalnie żerować na rybach latających.
- Mięczaki: Niektóre gatunki męczaków używają ramion do łapania ryb latających.
Różne gatunki ryb latających mogą mieć innych drapieżników w zależności od ich konkretnych siedlisk i rozprzestrzenienia.