Morze Jońskie obsługuje zróżnicowane życie morskie. Gatunki pelagiczne to tuńczyki, rybki mieczowe, makrele i bonity. Gatunki demersalne to groupery, snappery, pagrze i gobi. Cefalopody jak ośmiornice i kalmary są powszechne, podobnie jak rekiny i płaszczki. Ochrona jest ważna, bo wiele populacji jest zagrożonych przez nadmierne łowstwo i utratę siedlisk.