Rafflesia jest zagrożona z kilku powodów:
- Utrata siedliska: Wycinka lasów pod drzewnictwo, rolnictwo i rozwój niszczy jej las deszczowy.
- Nielegalne zbieranie i handel: Unikalne kwiaty braconowane na pamiątki i handel.
- Spadek liczby zapylaczy: Ubywanie populacji much utrudnia zapylanie i rozmnażanie.
- Zmiany klimatyczne: Zmieniona pogoda wpływa na rośliny gospodarskie i cykl życiowy rośliny.