2. Kłusownictwo i polowanie: Na bonobo poluje się ze względu na mięso, a czasami w celu nielegalnego handlu zwierzętami domowymi. Handel mięsem z buszu stanowi poważne zagrożenie, ponieważ bonobo są zabijane dla mięsa i sprzedawane na lokalnych targowiskach.
3. Przenoszenie chorób z ludzi: Bliskość populacji ludzkich może również wpływać na bonobo ze względu na przenoszenie chorób. Choroby zakaźne, takie jak infekcje dróg oddechowych i wirus Ebola, mogą być śmiertelne dla małp człekokształtnych, w tym bonobo.
4. Ograniczony zasięg: W porównaniu z innymi gatunkami małp człekokształtnych bonobo mają stosunkowo niewielki naturalny zasięg, ograniczony głównie do Kotliny Konga w Demokratycznej Republice Konga. Ten ograniczony zasięg czyni je bardziej podatnymi na skutki utraty siedlisk, kłusownictwa i niepokojów ludzkich.
5. Niski współczynnik reprodukcji: Bonobo, podobnie jak inne małpy człekokształtne, mają długą żywotność, ale powolny współczynnik reprodukcji. Oznacza to, że ich populacje powoli odbudowują się po skutkach polowań, chorób lub utraty siedlisk, co zwiększa ryzyko zagrożenia.
6. Brak świadomości: Do niedawna bonobo poświęcano mniej uwagi i zasobów ochronnych niż innym gatunkom małp człekokształtnych. Brak świadomości i ustalenia priorytetów przyczynił się do ich bezbronności.
Organizacje zajmujące się ochroną przyrody, obszary chronione, środki przeciwdziałające kłusownictwu i podnoszenie świadomości podejmują wysiłki w celu ochrony pozostałych populacji bonobo i zachowania ich siedlisk. Jednakże ciągłe zagrożenia i niestabilność polityczna w Demokratycznej Republice Konga sprawiają, że ochrona bonobo jest przedsięwzięciem trudnym.