Afrykańskie nenufary są spożywane przez różne organizmy, w tym hipopotamy, lamantyny, buwały wodne, słonie, ryby i szereg gatunków płazów i gadów. Owady, takie jak wodne chrząszcze i siekacze, mogą też spożywać określone części rośliny. Należy zauważyć, że gatunki ryb, takie jak tyłapia i afrykański płucnik, aktywnie pasą się na nenufarach i odgrywają ważną rolę w kontroli populacji. Na końcu pewne gatunki ptaków, np. kaczki, mogą spożywać nasiona i inne części rośliny.