W Kalifornii rozpoznaje się 6 podgatunków jeleń. Cztery występują w centralnej i północnej części stanu, a jeleń mułowy południowy i jeleń mułowy burro na południu. Wszystkie wyglądają podobnie – drobne różnice w znakach, rozmiarze i rozrogach, przez co większość ludzi nie potrafi ich odróżnić.
Jeleń czarnogonowy kolumbijski (Columbian Black-Tailed Deer)
Najliczniejszy – ok. 75% stanu, od granicy północnej do blisko Santa Barbara. Mniejszy gatunek: samce do 63 kg (140 lbs), rzadko 90 kg. Nazwa od czarnego ogona. Najczęściej polowany w Kalifornii (według Western Hunter).
Jeleń mułowy góry Skaliste (Rocky Mountain Mule Deer)
Północny wschód Kalifornii: hrabstwa Lassen, Shasta, Siskiyou, Modoc. Największy jeleń w stanie – samce 136–180 kg (300–400 lbs), wysokość w kłbie 90–120 cm. Żywią się wysokiej jakości roślinami, co pozwala im adaptować się do różnych siedlisk. Popularny u polowników.
Jeleń mułowy kalifornijski (California Mule Deer)
Nieco na południe od poprzednich, wzdłuż zachodniego stoku Sierra Nevada. Drugi co do liczebności. Rozrogi rosną w górę, co odróżnia od innych jeleń mułowych (rosną przód).
Jeleń mułowy Inyo (Inyo Mule Deer)
Centralna i dolna północna Kalifornia, częściej centralnie, nieco na północ od hrabstwa Mono. Rozpoznawalny po ogonie: ciemniejszy na końcu, większy piórko, spiczaste ku głowie. Najłatwiej identyfikować po geografii występowania.