Filipiny straciły wiele gatunków zwierząt, a wiele innych balansuje na granicy. Warto wymienić:
- Orzeł filipiński (Pithecophaga jefferyi) – niegdyś liczny w lasach deszczowych, dziś krytycznie zagrożony, może wyginąć w naturze w kilka lat przez utratę siedliska, polowanie i nielegalny handel.
- Krokodyl filipiński (Crocodylus mindorensis) – niegdyś w wodach słodkich, dziś krytycznie zagrożony, możliwe wyginięcie przez nadmierne polowanie, utratę siedliska i handel.
- Nietoperz owocowy filipiński (Acerodon jubatus) – gigantyczny nietoperz endemiczny, kluczowy dla zapylania lasów, dziś krytycznie zagrożony przez polowanie i utratę siedliska.
- Gołębie krwawoserce z Luzon (Gallicolumba luzonica) – niegdyś w lasach Luzonu, uważany za wyginiony przez polowanie, utratę siedliska i konkurencję z gatunkami wprowadzonymi.
- Warany z Panay (Varanus mabitang) – niegdyś na Panay, uważany za wyginionego przez utratę siedliska i nadmierne polowanie.
- Gigantyczna jaszczurka z Cebu (Varanus cebuensis) – endemiczna dla Cebu, niegdyś największa jaszczurka na Filipinach, uważana za wyginioną przez utratę siedliska i polowanie.
Działania ochronne są niezbędne, by chronić pozostałe zagrożone gatunki i zapobiegać dalszym wyginięciom.