Jednak gdy więcej Europejczyków zaczęło odwiedzać Mauritiusa i okolicznych wysp, populacja Dodo zaczęła spadać. W połowie XVI wieku Dodo wymarło.
Wyginięcie Dodo było w dużej mierze spowodowane działalnością człowieka. Holenderscy osadnicy, którzy przybyli na Mauritius w XVI wieku, wprowadzili na wyspę świnie, psy i koty. Zwierzęta te żerowały na jajach Dodo i młodych, a także rywalizowały z Dodo o jedzenie. Ponadto holenderscy żeglarze często polowali na Dodo w poszukiwaniu jedzenia i jego piór.
Zanim naukowcy zaczęli studiować Dodo, już wymarło. W rezultacie musieli polegać na relacjach wczesnych europejskich odkrywców i kilku ocalałych okazów dodo piór i kości. Próbki te nie były bardzo pouczające, a naukowcom pozostało z bardzo ograniczonym zrozumieniem Dodo.
Pod koniec XX wieku zespół naukowców pod przewodnictwem dr Juliana Hume'a rozpoczął nowe badanie Dodo. Wykorzystali różne techniki, w tym modelowanie komputerowe i analizę DNA, do rekonstrukcji wyglądu i zachowania Dodo. Ich badania wykazały, że Dodo było znacznie bardziej złożonym i interesującym ptakiem niż wcześniej sądzono.
Dodo jest obecnie uważane za ikonę wyginięcia. Jest to przypomnienie kruchości ekosystemów naszej planety i znaczenia ochrony zagrożonych gatunków.