Hipopotamie stają przed kilkoma zagrożeniami:
- Utrata siedliska: Przemiana terenów bagiennych i rzekowych na rolnictwo i rozwój.
- Braconierstwo i nielegalne polowanie: Na mięso, skórę i kości słoniowe zębów.
- Konflikt człowiek-fauna: Niszczenie upraw i agresja terytorialna blisko osiedli.
- Choroby: Wąglik i gruźlica mogą się rozprzestrzeniać między zwierzętami hodowlanymi a hipopotamami.
- Zmiany klimatyczne: Zmieniona dostępność wody i temperatura wpływają na siedliska i pożywienie.
- Przeludnienie: W niektórych regionach sukces ochrony doprowadził do konkurencji o zasoby i konfliktów.
Ochrona hipopotamów wymaga zachowania siedlisk, antybraconierskich działań, zarządzania chorobami i angażowania społeczności.