Z żołądka Chyme przesuwa się do jelita cienkiego, która jest najdłuższą i najbardziej złożoną częścią układu trawiennego. Tutaj większość absorpcji składników odżywczych ma miejsce, gdy chyme miesza się z enzymami trawiennymi wytwarzanymi przez trzustkę, takimi jak amylaza, lipaza i proteaza, oraz żółć wytwarzana przez wątrobę. Te enzymy rozkładają złożone węglowodany, tłuszcze i białka na proste cukry, odpowiednio kwasy tłuszczowe i aminokwasy. Ściany jelita cienkiego zawierają małe, przypominające palce projekcje zwane kosmami, które zwiększają powierzchnię do absorpcji składników odżywczych.
Niestrawiony materiał pozostawiony po wchłanianiu składników odżywczych przesuwa się do jelita grubego, która składa się z okrężnicy i odbytnicy. Zakłócenie pochłania wodę i elektrolity, przekształcając pozostały chyme w odpady stałe. Odbytnica przechowuje odpady stałe, aż można je wyeliminować z organizmu przez odbyt podczas procesu defekacji.