Wpływ na środowisko
Hodowla ryb jest wydajna pod kątem masowego zaopatrzenia, ale farmy mają negatywny wpływ na środowisko i populosje dzikich ryb. Hodowla ryb to kontrowersyjny temat na całym świecie, a badania nad skutkami farm są projektem ciągłym z mieszanymi wynikami. Hodowla ryb stosuje różne metody, ale chów w otwartych klatkach oceanicznych jest najpopularniejszy.
Choroby
Jednym z głównych problemów hodowli ryb są choroby. Duże liczby ryb chowią się w ciasnych warunkach. Choroby rozprzestrzeniają się w populacji hodowlanej, a ryby zazwyczaj leczy się antybiotykami. Choroby mają duży szansę na przeniesienie się na dzikie populosje, jeśli ryby są w klatkach w środowisku naturalnym. To szczególnie powszechne w przypadku lososów hodowanych w otwartych klatkach oceanicznych, ale występuje też przy celowym wprowadzaniu ryb z hatcherii do środowiska naturalnego.
Degradacja środowiska
Duża liczba farm rybnych buduje się na lądzie. Masowe farmy akwakultury to środowiska akwariowe, w których każdy aspekt środowiska jest sztucznie manipulowany, by przyspieszyć wzrost ryb. Ogromna powierzchnia ziemi potrzebna na farmy zazwyczaj wymaga wyrębienia rodzimych lasów i roślinności oraz niszczenia siedlisk zwierząt. Farmy rybne znajdują się blisko dużych systemów rzecznych i oceanicznych, a rolnicy przepływują wodę przez farmę z powrotem do oceanu. Odzyskana woda może przenosić choroby na rodzimie populacje.
Utrata miejsc tarła
Ryby hoduje się dla przyjemności wędkarzy w wielu regionach. Ryby wychowuje się w hatcheriach i wypuszcza do dziczych rzek, jezior i oceanów z liberalnymi limitami łowienia. Nie wszystkie ryby są odłowione, a wiele z nich infiltrowa miejsca tarła rodzimych ryb. Infiltracja prowadzi do obniżenia jakości genetycznej udanych tarłowców i redukcji potencjału reprodukcji dzikich ryb. Problem jest szczególnie widoczny w populacjach pstrąga tęczowego i lososa na północny zachód.
Zanieczyszczenie
Duże stężenia ryb tworzą niezdrową ilość fekalii i produktów organicznych wprowadzanych do środowiska. Wiele farm używa też środków chemicznych do czyszczenia sprzętu. Wprowadzają one chemikalie do wody, która ostatecznie wraca do środowiska.