Liczba i struktura chromosomów pomaga ustalać pokrewieństwo ewolucyjne między gatunkami. Liczba chromosomów to cecha gatunkowa – np. ludzie 23 pary, szympansy 24. Struktura chromosomów, w tym pasma i lokalizacja genów, też porównuje się by znaleźć podobne i odrębne regiony. Analiza tych cech daje wgląd w powinowactwa ewolucyjne.