Etnobotanika ma pewne wady:
- Niekompletne lub nieprecyzyjne informacje: tradycje ustne mogą zniekształcać się lub ginąć z czasem.
- Wrażliwość kulturowa i eksploatacja: badania mogą odbywać się bez zgody społeczności lub dzielenia korzyści.
- Ograniczony zasięg: wyniki z konkretnych społeczności nie muszą uogólniać się na inne regiony.
- Wyzwania ochronne: nieodpowiedzialne praktyki mogą prowadzić do przeeksploatacji roślin.
- Kwestie etyczne: kwestie świadomej zgody, własności intelektualnej i dzielenia korzyści muszą być starannie zarządzane.
Mimo tych wad, etnobotanika pozostaje cenne, gdy podejść do niej etycznie i z szacunkiem.