Klasyfikacja wymarłych organizmów z dowodów skażeniowych jest trudna z kilku powodów:
1. Niewpełne rekordy skażeń
Rekord skażeń jest często fragmentarny przez rzadkie resztki, procesy tafonomiczne i nierównomierne zachowanie. To utrudnia zrozumienie pełnej morfologii wymarłych gatunków.
2. Ograniczona zachowanie tkanki miękkiej
Skażenia głównie zachowują twarde struktury: kości, zęby, muszły. Tkanki miękkie: mięśnie, narządy, skóra rzadko skażeniają, zostawiając luki w wiedzy o wyglądzie i zachowaniu.
3. Zmiany tafonomiczne
Procesy po śmierci – drażenie, wietrzenie, transport, zasypanie – mogą zniekształcić lub zniszczyć ważne cechy anatomiczne.
4. Zbiegłość morfologiczna i gatunki kryptyczne
Ewolucja zbiegła może sprawiać, że niepokrewne gatunki wyglądają podobnie, powodując błędną klasyfikację. Gatunki kryptyczne z minimalnymi różnicami morfologicznymi też utrudniają klasyfikację.
5. Brak danych genetycznych
Skażenia nie dostarczają informacji genetycznych potrzebnych do nowoczesnej taksonomii opartej na DNA, ograniczając klasyfikację do porównań morfologicznych.
6. Rewizje taksonomiczne i zmieniające się pojęcia
Klasyfikacje zmieniają się z nowymi odkryciami i metodami badawczymi, co oznacza, że klasyfikacje oparte na skażeniach mogą stać się przestarzałe.
Mimo tych wyzwań, paleontolodzy używają anatomii porównawczej, morfologii funkcjonalnej i analizy filogenetycznej do klasyfikowania wymarłych organizmów.