Tradycyjnie: dwa gatunki – afrykański i azjatycki. Nauka (J. Tidwell, Smithsonian Zoogoer) sugeruje: w Afryce dawno wiele gatunków, a w XXI w. mogą być 2–3 gatunki.
Rozdzielenie ewolucyjne
5 mln lat temu Afryka: wiele gatunków słoni, w tym bliski krewny mamuta wełnistego. Nieznane zdarzenie spowodowało przesunięcie – pozostawiły długousze przodków słoni afrykańskich.
Słoń azjatycki
Różni się od afrykańskich: 2,4–3 m w kłbie, skroni owalny, mniejsze uszy. Końcówka rylca: mały wyrostek („palec”). Afrykańskie: większe (~4 m kłb), grzbiet prosty (nie wygięty), dwa „palce” na końcu rylca.
Słoń sawannowy i leśny (Afryka)
Dawno zauważono drobne różnice: sawanna (Wschód/Południe) vs lasy (Zachód/Centrum). Leśni: mniejsze, prostsze kły. Badania genetyczne: różnice tak duże jak w rodzinie kotowatych – dwa osobne gatunki.
Trzeci gatunek afrykański?
Dalsze badania genetyczne w populacjach leśnych sugerują podział na dwa. Porównanie populacji lasu Tai (Zachód Afryki) i Kongo: geny tak różne jak między leśnymi a sawannowymi. Może być 3 odrębne gałęzie słoni w Afryce, a nie 1.