Selekcja naturalna działa w obie strony. Faworyzując pewne allele, zmniejsza zmienność, sprawiając, że geny z tymi allelami przejmują nad rękę nad genami bez nich.
Z drugiej strony, ponieważ selekcja działa niezależnie w wielu lokusach, może też zwiększać heterozygotyczność i różnorodność alleli, zwiększając zmienność genetyczną na poziomie gatunku. Pozwala to populacjom lepiej adaptować się do zmieniających się środowisk.