Drapieżniki: Duże drapieżniki, takie jak jaguary i anakondy, polują na młode krokodyle.
Ludzie: Polują na krokodyle dla skóry, mięsa i jaj; niektóre gatunki atakują ludzi, którzy wkraczają na ich terytorium.
Choroby: Infekcje bakteryjne, wirusowe i pasożytnicze mogą być śmiertelne lub powodować długoterminowe problemy zdrowotne.
Utrata siedliska: Rozwój i zanieczyszczenia niszczą siedliska krokodyli.
Zmiany klimatyczne: Wzrost poziomu morza może zatapiać gniazda, a zmiany temperatury i opadów wpływają na dostępność pokarmu i wody.