W wszechobecnej mineralizacji cały organizm, w tym jego wewnętrzne struktury i szczegóły mikroskopowe, zastępuje materia mineralna. Ten rodzaj petryfikacji występuje, gdy woda bogata w minerały lub wód gruntowych przenika do szczątków organizmu i stopniowo zastępuje materiał organiczny minerałami. Minerałami mogą być krzemionka (kwarc), kalcyt (węglan wapnia), piryt (siarczek żelaza) lub inne związki mineralne.
Wszechobecna mineralizacja powoduje tworzenie stałych, kamiennych replików oryginalnego organizmu. Te repliki zachowują formę, kształt i skomplikowane szczegóły organizmu, zapewniając cenne wgląd w starożytne życie i warunki, w których wystąpiło petryfikacja. Przykłady wszechobecnej mineralizacji obejmują skamieniałe kości, skorupy, drewno i liście.