Szynszyl krótkogonowy (Chinchilla lanigera) to udomowiony potomok szynszyla długogonowego (Chinchilla chinchilla). Oba należą do rodziny Chinchillidae rzędu gryzoni (Rodentia).
Choć dokładna linia ewolucyjna wciąż jest badana, uważa się ogólnie, że szynszyle wyewoluowały z prymitywnych gryzoni żyjących w Ameryce Południowej miliony lat temu. Ci wczesni przodkowie prawdopodobnie mieli cechy podobne do współczesnych szynszyli: gęstą, miękką sierść i wyspecjalizowane zęby do ucierania twardego pożywienia roślinnego.
Dalsze badania mogą doprecyzować nasze zrozumienie pochodzenia szynszyli.